Marlon Vargas se convirtió en el nuevo presidente de la Conaie tras vencer a Leonidas Iza en las elecciones del Consejo de Gobierno 2025-2028, celebradas en Conocoto, Quito, con la participación de más de 1400 bases indígenas a nivel nacional.
En el proceso electoral participaron más de 1400 votantes, que forman parte de las diferentes bases indígenas a nivel nacional. El Consejo quedó conformado así: Marlon Vargas: Presidente; Ercilia Castañeda: Vicepresidenta.

El proceso electoral se realizó con la instalación de cinco mesas distribuidas en varios puntos de la Amazonía, Sierra y la Costa, además de un sistema de votación en línea para las personas que residen en el exterior. En total, Vargas logró obtener 617 votos, frente a los 540 de Leonidas Iza, lo que le otorgó la victoria.
Vargas dijo que en su presidencia liderará un proceso de unidad contundente desde los territorios. Entre sus propuestas destaca el fortalecimiento de la educación intercultural bilingüe, la Universidad Amawtay Wasi y la defensa de los saberes ancestrales.
Marlon Vargas habría liderado anteriormente la Confenaie, entre 2016 y 2023, y también se desempeñó como dirigente de Comunicación de la Nacionalidad Achuar de Morona Santiago. Junto a Leonidas Iza, estuvo presente en las movilizaciones de 2019 y 2022, durante los gobiernos de Lenín Moreno y Guillermo Lasso.
La elección de Marlon Vargas como nuevo presidente de la Conaie marca un nuevo capítulo para la organización, con un enfoque centrado en la unidad, la educación intercultural y la defensa de los saberes ancestrales.
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Su experiencia previa en la Confenaie y su participación en movilizaciones históricas lo posicionan como un líder con trayectoria para enfrentar los retos de las comunidades indígenas en el periodo 2025-2028.