Permaneció casi ocho años prófugo, esquivando la audiencia de juzgamiento a la que fue llamado a comparecer en 2012, ante un Tribunal de Garantías Penales de Orellana, acusado por Fiscalía como presunto autor del delito de violación.
Los elementos de convicción recolectados en ese año por la Fiscalía de Loreto, provincia de Orellana, lo señalaban como responsable de las reiteradas violaciones cometidas –a punta de golpes y amenazas– en su hija de 9 años (en ese tiempo).
En mayo de 2020 se ejecutó la orden de detención en su contra. A la Fiscalía del cantón Loreto le tomó quince días localizar a la víctima y a sus dos hermanas, que denunciaron el hecho en 2012, puesto que radicaban actualmente en otra provincia.
En la audiencia de juzgamiento, que se desarrolló el 25 de junio de 2020, la fiscal Eulalia Rodríguez presentó como pruebas indiciarias: los testimonios de las peritas psicóloga y médica-legal, que detallaron el delito y las circunstancias en las que fue cometido, información recolectada de la víctima, al momento del hecho punible.
Esto, porque la víctima manifestó a la Fiscalía que no quería intervenir o entregar su testimonio, debido a que su padre “ya es muy viejito y está por morir”. Sin embargo, la hermana mayor se presentó a rendir testimonio y pretendió desvirtuar el hecho, al afirmar que su hermana (la víctima) le habría indicado años más tarde que “acusó a su padre, porque se quería escapar con un novio”.
Este testimonio no fue creíble ante el Tribunal de Garantías Penales, que le dio más valor a la prueba indiciaria, bajo la premisa de que tipo de delitos “no tienen testigos, pues se los comete en la clandestinidad”, y resolvió –por unanimidad– que el procesado Juan José Flores P. F., ahora de 62 años de edad, es culpable de violación y lo sentenció a veinte años de reclusión mayor especial, con base en los artículos 512 y 513 del Código Penal que regía en el 2012.